Một số hạn chế làm chậm việc chấp nhận SaaS và cấm sử dụng nó trong một số trường hợp:

• Vì dữ liệu được lưu trữ trên máy chủ của nhà cung cấp, bảo mật dữ liệu trở thành một vấn đề.[29]
• Các ứng dụng SaaS được lưu trữ trên đám mây, cách xa người dùng ứng dụng. Điều này giới thiệu độ trễ vào môi trường; ví dụ, mô hình SaaS không phù hợp cho các ứng dụng yêu cầu thời gian đáp ứng tính bằng mili giây.
• Kiến trúc đa tầng, giúp tăng hiệu quả chi phí cho các nhà cung cấp giải pháp SaaS, hạn chế tùy chỉnh ứng dụng cho khách hàng lớn, ngăn không cho các ứng dụng đó được sử dụng trong các tình huống (chủ yếu áp dụng cho các doanh nghiệp lớn) mà việc tùy chỉnh đó là cần thiết.
• Một số ứng dụng kinh doanh yêu cầu quyền truy cập hoặc tích hợp với dữ liệu hiện tại của khách hàng. Khi dữ liệu đó có khối lượng lớn hoặc nhạy cảm (ví dụ thông tin cá nhân của người dùng cuối), việc tích hợp chúng với phần mềm được lưu trữ từ xa có thể tốn kém hoặc rủi ro hoặc có thể xung đột với các quy định quản trị dữ liệu.
• Luật bảo đảm tìm kiếm / thu giữ hiến pháp không bảo vệ tất cả các dạng dữ liệu được lưu trữ động của SaaS. Kết quả cuối cùng là một liên kết được thêm vào chuỗi bảo mật nơi truy cập dữ liệu và, bằng cách mở rộng, việc sử dụng sai các dữ liệu này, chỉ bị giới hạn bởi sự trung thực giả định của bên thứ 3 hoặc cơ quan chính phủ có thể truy cập dữ liệu trên chúng nhận thức riêng.[30][31][32][33][34]
• Chuyển đổi nhà cung cấp SaaS có thể liên quan đến nhiệm vụ chậm và khó khăn khi chuyển các tệp dữ liệu rất lớn qua Internet.
• Các tổ chức áp dụng SaaS có thể thấy họ bị buộc phải áp dụng các phiên bản mới, điều này có thể dẫn đến chi phí đào tạo không lường trước, tăng khả năng người dùng có thể mắc lỗi hoặc mất ổn định từ các lỗi trong phần mềm mới hơn.
• Nếu nhà cung cấp phần mềm không hoạt động hoặc đột nhiên EOL phần mềm, người dùng có thể bị mất quyền truy cập vào phần mềm của họ một cách bất ngờ, điều này có thể làm mất ổn định các dự án hiện tại và tương lai của tổ chức của họ, cũng như khiến người dùng không thể truy cập dữ liệu cũ hơn. hoặc sửa đổi.
• Dựa vào kết nối Internet có nghĩa là dữ liệu được truyền đến và từ một công ty SaaS ở tốc độ Internet, thay vì tốc độ cao hơn tiềm năng của mạng nội bộ của một công ty.[35]
• Công ty lưu trữ SaaS có thể đảm bảo mức thời gian hoạt động đã thỏa thuận trong SLA (Thỏa thuận cấp độ dịch vụ) không?

Mô hình tiêu chuẩn cũng có những hạn chế:

• Khả năng tương thích với phần cứng, phần mềm khác và hệ điều hành.[36]
• Vấn đề cấp phép và tuân thủ (bản sao trái phép của chương trình phần mềm khiến tổ chức có nguy cơ bị phạt hoặc kiện tụng).
• Bảo trì, hỗ trợ và vá các quy trình sửa đổi.

Ứng dụng kỹ thuật

Phần mềm mô phỏng kỹ thuật, theo truyền thống được phân phối như một giải pháp tại chỗ thông qua máy tính để bàn của người dùng, là một ứng cử viên lý tưởng cho việc phân phối SaaS. Thị trường cho phần mềm mô phỏng kỹ thuật SaaS đang ở giai đoạn đầu, nhưng sự quan tâm đến khái niệm này đang tăng lên vì những lý do tương tự vì sự quan tâm đến SaaS đang tăng lên trong các ngành công nghiệp khác. Động lực chính là phần mềm mô phỏng kỹ thuật truyền thống đòi hỏi một khoản đầu tư lớn để truy cập vào phần mềm mô phỏng. Khoản đầu tư lớn giữ cho mô phỏng kỹ thuật không thể tiếp cận được đối với nhiều công ty mới khởi nghiệp và thị trường trung bình, những người không muốn hoặc không thể mạo hiểm chi tiêu phần mềm lớn cho các dự án chưa được chứng minh.[37]

Ứng dụng chăm sóc sức khỏe

Theo khảo sát của HIMSS Analytics, 83% các tổ chức chăm sóc sức khỏe CNTT của Mỹ hiện đang sử dụng dịch vụ đám mây với kế hoạch 9,3%, trong khi 67% các tổ chức chăm sóc sức khỏe CNTT hiện đang chạy các ứng dụng dựa trên SaaS.[38]